Канцеларија за сарадњу с невладиним организацијама основана је 2007. године, као организациона јединица Генералног секретаријата Владе Црне Горе. 

Уредбом о измјенама и допунама Уредбе о организацији и начину рада државне управе („Службени лист ЦГ“, бр. 19/17), послови који се односе на развијање сарадње органа државне управе и невладиних организација, као и послови у вези са програмирањем и управљањем фондовима Европске уније намијењеним невладиним организацијама чије је сједиште у Црној Гори, који су били у надлежности Генералног секретаријата Владе Црне Горе и које је обављала Канцеларија, пренијети су у дјелокруг Министарства јавне управе.

Уредбом о измјени Уредбе о критеријумима за унутрашњу организацију и систематизацију послова у органима државне управе („Службени лист ЦГ“, бр. 19/17), установљен је институт Националне канцеларије, која се може основати у министарству. 

Правилником о измјенама и допунама Правилника о унутрашњој организацији и систематизацији Министарства јавне управе, утврђеним на сједници Владе 18.5.2017. године, у Министарству јавне управе је основана Национална канцеларија за сарадњу с невладиним организацијама.

На основу члана 37 став 2 Закона о државној управи ("СИ. лист РЦГ", бр. 38/03 и "СИ. лист ЦГ", бр. 22/08, 42/11, 54/16, 13/18) и члана 159 Закона о државним службеницима и намјештеницима ("СИ. лист РЦГ", бр. 2/18) Влада  је на сједници од 13. септембра 2018. године, утврдила Правилник о унутрашњој организацији и систематизацији Министарства јавне управе.

У оквиру Министарства утврђена је организациона јединица Директорат за добру јавну управу и дјеловање невладиних организација:

Дирекција за управљање и праћење процесом реформе јавне управе;

Дирекција за регистрацију, евиденције невладиних организација и политичких партија;

Дирекција за сарадњу са невладиним организацијама. 


У Директорату за добру јавну управу и дјеловање невладиних организација обављају се послови који се односе на: развој и унапређење квалитета рада јавне управе; управљање и праћење процеса реформе јавне управе; координацију и сарадњу са другим органима управе и институцијама у процесу реформе јавне управе; сарадња и учестовање у програмима међународних и регионалних организација од значаја за развој добре јавне управе; припрему прописа који се односе на оснивање и дјеловање невладиних организација; израда стратегија, акционих планова и других докумената који се односе на невладине организације; припрему анализа и извјештаја о положају невладиних организација у Црној Гори; регистрацију невладиних организација и вођење евиденције о невладиним организацијама; праћење спровођења стратегије сарадње са невладинирн организацијама и одговарајућих акционих планова и предлагање мјера за побољшање сарадње; регистрација политичких партија и послови вођења прописаних евиденција; спровођење поступка за израду печата државних органа; предлагање мјера од значаја за унапрјеђивање стања као и други послови из дјелокруга рада Директората

У Дирекцији за сарадњу са невладиним организацијама врше се послови који се односе на: припрему и праћење спровођења стратешког документа Владе Црне Горе у области сарадње са невладиним организацијама и унапређења подстицајног окружења за дјеловање НВО и одговарајућег акционог плана; прикупљање података и извјештавање о реализацији мјера Акционог плана за поглавље 23 које се односе на НВО; координацију активности министарстава и других државних органа у вези са програмирањем и расподјелом средстава за финансирање пројеката/програма НВО из државног буџета; припреме одлуке Владе о приоритеним областима од јавног интереса у којима ће се финаснирати пројекти НВО у одређеној години и износима потребним за њихову реализацију; креирање листе независних процјењивача на основу објављеног јавног позива и уцешће у изради смјерница за независне процјењиваче пројеката НВО; прикупљање података о финансијској подршци пројектима НВО и припрему извјештаја за Владу о утрошку средстава на годишњем нивоу која су, као подршка пројектним активностима, исплаћена НВО из државног буџета; припрему анализа, информација и извјештаја о положају невладиних организација у Црној Гори; спровођење поступка предлагања и именовања чланова Савјета за сарадњу органа државне управе и невладиних организација и обављање административних послова за Савјет; праћење релевантних догађања у Европи и свијету у вези са радом, дјеловањем и односирна НВО-а са државним институцијама, као и моделима међусекторске сарадње; израда Извјестаја о учешћу представника невладиног сектора укључених у рад радних група које формирају органи државне управе; припрему, штампање и објављивања приручника, извјештаја и других публикација ради информисања јавности о питањима из надлежности Дирекције, као и обављање других послова из дјелокруга Дирекције.